В борьбе с инакомыслящими во Франции, фашистские захватчики пришли к выводу, что без определения сторонников сил сопротивления в отдельную закрытую территорию, планируемый режим не будет функционировать должным образом. Несмотря на призывы французского правительства принять (и подчиниться) вынужденным «союзникам», привыкшие к размеренной жизни горожане, встретили интервентов довольно холодно.

 То и дело проходили аресты групп, выступающих с протестами и призывами к неподчинению. Распространяемые листовки антифашистского характера способствовали формированию у населения ощущения полной несерьезности, временности и бесперспективности фашистского набега. Гитлер представлялся в образе «круглого» идиота. В мае 41-го огороженная колючей проволокой территория с несколькими бараками была организована, вход венчала вывеска «Natzweiler-Struthof», украшенная нацистской символикой.

Смирению заключенных способствовал тяжый труд и система хронического недоедания. Хотя концлагерь и не предполагал планомерное уничтожение содержащихся, на его территории были установлены газовые камеры и крематорий. Для поддержания дисциплины, периодически проводились публичные казни, после которых над территорией лагеря стояла черная гарь, выходящая из печной трубы. Помимо участников французского сопротивления, арестованного в ходе операции «Ночь и туман», на территорию Нацвайлер-Штрутгоф традиционно загоняли евреев, обосновавшихся до войны в самой Франции и в ее окрестностях. Именно эта категория заключенных, вместе с цыганами, испытала на себе последствия многочисленных медицинских экспериментов, а также новации в области проведения допросов и пыток. 
 
По большей части, заключенными лагеря являлась интеллектуальная прослойка общества. Переведенный из концлагеря Дахау, новый коменданте Эгон Цилль, учел данное обстоятельство, организовав себе на потеху небольшой оркестр. Наиболее полюбившихся музыкантов, Цилль держал при себе, переводя из лагерей в лагерь, в след за собой. Старания музыкантов вознаграждались едой, а исходящая с отрытых окон классическая музыка, помогала заключенным не терять надежду, до самого ноября 1944-го.