Трудовой концлагерь Эбензее просуществовал не долго, но оставил после себя мрачный след.  Он открылся в качестве филиала концлагеря Маутхазен 18 ноября 1943 года. Из приблизительно 27 тысяч узников, привезенных сюда, ко времени освобождения концлагеря 6 мая 1945 года было уничтожено более 8 тысяч человек. Количество убитых могло быть намного больше, но большую часть смертельно больных узников отправили в лагерь Маутхаузен, где находились более эффективные «машины» по  утилизации людей.

 Эбензее был разделен на две части: в восточной крыле находился  нефтеперерабатывающий завод, а в западном крыле производили танковые запчасти. Но, главной задачей узников Эбензее было прокладывание массивных тоннелей в расположенном неподалеку горном массиве. Тоннели были предназначены для подземного научного ракетного центра.

Так как планы «молниеносной войны» не осуществились, немецкие военачальники переключили своё внимание на производство специального вооружения и засекреченных технологий, таких как ракеты. Первыми узниками концлагеря Эбензее были профессиональные рабочие в возрасте от двадцати до сорока лет. Сначала это были итальянские и французские специалисты, затем были привезены группы венгерских евреев и русских военнопленных. Ближе к концу войны, рабочих-узников чаще всего доставляли сюда с востока. Концлагерь постоянно увеличивался вплоть до весны 1945 года.

В Эбензее было создано активное тайное движение Сопротивления, которым управлял организованный летом 1944 года международный лагерный комитет.
Благодаря содействию сотрудников концлагеря подпольный комитет узнал о скором приближении союзных войск, что позволило членам движения хорошо подготовиться и успешно оказать организованное сопротивление фашистам, рассчитывавшим загнать узников в тоннели и взорвать их. Большая часть сотрудников концлагеря сбежали. Через несколько дней союзники освободили всех заключенных.